Jako „niespełniony” żołnierz kampanii wrześniowej po przyjeździe do Warszawy związał się z ruchem konspiracyjnym. Kredo swojej działalności podziemnej zawarł we wrześniowym liście do matki, pisząc o: walce o prawdziwą, wielką Polskę, o państwo w którym przyszłe pokolenia będą żyły według wszelkich przykazań Bożych. Tymi zasadami kierował się przez kolejne lata kiedy był żołnierzem Polski podziemnej. Związał się z prawym skrzydłem ruchu podziemnego i do momentu aresztowania prowadził cały czas działania organizacyjne i polityczne, najpierw w ramach Związku Jaszczurczego (ZJ), a później Narodowych Sił Zbrojnych (NSZ) – Organizacji Polskiej (OP w czasie wojny kierowała ZJ i NSZ). Ruch ten był najbliższy ideowym przekonaniom Jerzego, gdyż opierał się na koncepcji przebudowy powojennej Polski w duchu katolickim i narodowym.
Organizacja Wojskowa Związek Jaszczurczy (OW ZJ) utworzona 15 października 1939 r. w Warszawie przez działaczy Grupy „Szaniec”, była podporządkowana OP. ZJ stawiał sobie za cel walkę z hitlerowskimi Niemcami i komunistyczną sowiecką Rosją o Katolickie Państwo Narodu Polskiego w granicach na Odrze i Nysie Łużyckiej z przedwojenną granicą wschodnią + Prusy Wschodnie. ZJ nie prowadził działań partyzanckich, ale tworzył małe jednostki mobilizacyjne (skadrowane).
Jerzy wrócił do kolegów z czasów studenckich z obozu narodowego i nawiązywał nowe znajomości. Władysław Marcinkowski ps. „Jaxa”, znajomy z okresu studiów, już w listopadzie wciągnął Jerzego do konspiracji w ZJ. „Jaxa” był jednym z organizatorów Związku Jaszczurczego. Jerzy przyjął pseudonim „Konrad” – którego Konrada wybrał: mickiewiczowskiego patriotę, mściciela czy też miał to być norwidowski „przywódca Konrad uwięziony” z Promethidiona? Późniejsze lata pokazały, że był po trosze jednym i drugim. W Warszawie „Konrad” działał prawie do końca marca 1940 r. Wtedy „Jaxa” wysłał go do Piotrkowa, aby odbudował tam pion wojskowy ZJ. W tym celu miał nawiązać współpracę z Wiesławem Renkem i Bronisławem Olejnikiem, którzy byli jego kolegami z „Chrobrego”.