Nie można mówić o wojennych i powojennych kolejach losu Jerzego bez wspomnienia o jego towarzyszce życia – Magdalenie. Losy tych dwojga ściśle się ze sobą wiążą. Warto spojrzeć na okres okupacji i uwięzienia Jerzego Kozarzewskiego oczami jego żony, która dzieliła się swoimi wspomnieniami w licznych artykułach po śmierci męża.
Wybuch wojny pokrzyżował życiowe plany studentki medycyny Uniwersytetu Warszawskiego – Magdaleny Bojanowskiej. Młoda kobieta, szukając duchowego wsparcia i pociechy, trafiła na księdza Jerzego Sienkiewicza, który był kapłanem w warszawskiej parafii Zbawiciela. Ksiądz Sienkiewicz stał się nie tylko jej spowiednikiem, ale i szczerym przyjacielem. Magdalena kontynuowała studia medyczne na tajnych kompletach, jednocześnie pracując społecznie jako pielęgniarka dla Rady Głównej Opiekuńczej w Warszawie. We wrześniu 1942 r. ksiądz Sienkiewicz zaaranżował spotkanie Magdaleny i, przebywającego wówczas w Warszawie, swojego serdecznego przyjaciela – Jerzego Kozarzewskiego. Młody mężczyzna „o pięknych jasnych włosach, czarującym uśmiechu i szarych oczach” oczarował Magdalenę.
Wyszli razem od księdza Sienkiewicza i odtąd szli razem przez życie. Ślubu udzielił im ksiądz Jan Zieja 22 lipca 1943 r. Młodzi małżonkowie, mimo trudnych warunków i czyhających zagrożeń, snuli plany na wspólną przyszłość, nie przeczuwając wtedy, jakie problemy i tragiczne wydarzenia przed nimi. Oboje nadal poświęcali się swoim konspiracyjnym działaniom – Magdalena kontynuowała studia na tajnych kompletach i pracę dla Rady Głównej Opiekuńczej, a Jerzy jako „Konrad” działał w NSZ na terenie Warszawy i w Krakowie.
W lipcu 1944 r. młodzi małżonkowie mieszkali na Saskiej Kępie w pokoju, użyczonym im przez ciotkę Zofię Łempicką. Jerzy od dłuższego czasu był urlopowany w organizacji, by wspierać i chronić spodziewającą się dziecka żonę. 31 lipca Kozarzewscy zdecydowali wrócić do Śródmieścia i zamieszkali przy ul. Moniuszki w mieszkaniu wujostwa Janiny i Jerzego Łempickich.
1 sierpnia Jerzy udał się jak zwykle do wydawnictwa Arcta, a Magdalena pojechała na ulicę Rakowiecką do wujostwa Szuchów, odwiedzić mieszkającą u nich matkę. Niespodziewanie zjawił się tam Piotr Szuch, który kategorycznie nakazał Magdalenie natychmiast opuścić Warszawę. Zdołała nakłonić matkę, by ta razem z gosposią udała się do Pruszkowa, a sama pojechała do księgarni Arcta. Na miejscu okazało się, że Jerzy już wyszedł. Nim zdążyła wrócić do domu na Moniuszki, zaczęła się strzelanina w okolicach Poczty Głównej. Jerzy tego dnia nie wrócił do domu. Następnego dnia ludności cywilnej polecono zejść do schronów z uwagi na zmasowane naloty nieprzyjaciela. Po kilku godzinach do schronu wpadł Jerzy, który po wyjściu z księgarni krążył po ulicach i, nie mogąc dotrzeć bezpiecznie na Moniuszki, noc przeczekał w napotkanym gabinecie dentystycznym. Cudem uniknął tam kuli niemieckiego snajpera.
Jerzy był zdruzgotany rozwijającą się sytuacją i swoją biernością, ale nie szukał możliwości dołączenia do walczących oddziałów. Żona jego tłumaczyła to nie tylko brakiem przynależności do organizacji w Warszawie, ale przede wszystkim poczuciem odpowiedzialności za nią i nienarodzone dziecko. Włączył się za to do działań obrony cywilnej, sprawdzając zagrożenia pożarowe w okolicznych domach, przynosząc wodę z Nowego Światu i zabezpieczając książki w księgarni Arcta. 4 września zniszczeniu uległ dom wujostwa Łempickich. Magdalena, Jerzy oraz państwo Łempiccy schronili się w domu Arctów. Niestety, podzielili los tysięcy warszawiaków, kiedy do domu Arctów wkroczyli Niemcy i „wygarnęli” wszystkich na ulicę, nie zważając ani na stan Magdaleny, ani na niepełnosprawność jednego z wnuków, których państwo Arctowie mieli pod opieką. Mężczyzn zabrano do rozbiórki barykad, po kilku godzinach wszystkich zapędzony do Ogrodu Uniwersyteckiego, a następnego dnia pod eskortą Ukraińców całą kolumnę doprowadzono w pobliże Dworca Zachodniego, skąd przewieziono ich do obozu przejściowego w Pruszkowie.
Dulag 121 Proskau (niem. Durchgangslager) – niemiecki obóz przejściowy w Pruszkowie utworzony dla ludności cywilnej wypędzanej z Warszawy podczas i tuż po Powstaniu Warszawskim.
Po selekcji Magdalena znalazła się w grupie kobiet, które wywieziono później do obozu w Ravensbrück. Zdołała jednak po niemiecku wytłumaczyć oficerowi, że w niedługim czasie spodziewa się dziecka, więc przesunął ją do grupy starców i dzieci. Natomiast Jerzy podzielił los młodych mężczyzn, których przetransportowano do obozu w Auschwitz, a potem do Mauthausen. Zdołał wyrzucić z pociągu kartkę z informacją „jadę Frankfurt nad Odrą” z adresem matki. Wiadomość ta dotarła do Piotrkowa (chyba w połowie września), przepisana starannie przez znalazcę.
Grupę więźniów, w której znajdowała się Magdalena załadowano do wagonów towarowych i po długiej, przerywanej postojami, podróży transport dotarł do Końskich i następnego dnia został rozładowany. Stamtąd Magdalena udała się do Piotrkowa, gdzie mieszkała matka Jerzego. Obydwie nie ustawały w wysiłkach, by dowiedzieć się, co się dzieje z ukochanym mężem i synem. W piotrkowskim Urzędzie Miasta wywieszono listę obozów, do których wywieziono cywilną ludność Warszawy, na liście znalazło się 60, 90 lub 120 pozycji (w różnych źródłach inne dane). Obie kobiety wysłały do wszystkich tych obozów opłacone zwrotne kartki z zapytaniem, czy znajduje się tam podany więzień. Nadchodziły negatywne odpowiedzi. Wreszcie kobiety otrzymały wiadomość z obozu w Mauthausen – był to list od Jerzego, któremu zezwolono odpisać. Magdalena wspomina ten list: Formularz obozowy był wypełniony pismem Jerzego. Miałam się w przyszłości dowiedzieć, że w okresie, gdy przebywał w obozowym „rewirze” [zastępującym szpital – T.Z.], został wezwany do „Schreibstuby” [kancelaria obozowa, biuro – T.Z.], co nie oznaczało nic dobrego. Tymczasem dano mu blankiet listowy i kazano „sofort” [natychmiast – T.Z.] napisać do domu. Był to skutek nadejścia mojej pytającej kartki. Mam ten wyblakły list do dzisiaj. „Ich bin gesund und fühle micht gut…” [Jestem zdrowy i czuję się dobrze… – T.Z.].
Fragment listu do żony, wysłanego 25 listopada 1944 r. z KL Mauthausen-Gusen.
Nim jednak ta wiadomość dotarła do Magdaleny, 16 listopada urodziła córeczkę. Jeszcze podczas pobytu u Arctów Jerzy powiedział do żony: Pan Bóg nas z tego wyprowadzi. Będziesz miała córeczkę, taką maleńką. Ja to wiem. Kobiety natychmiast wysłały wiadomość o narodzinach córki Anny Marii, ale wymiana korespondencji nie trwała długo (Jerzy dostał dwa listy) uwagi na front przesuwający się na zachód. W przetrwaniu ciężkiej zimy 1944/45 cenna okazała się dla kobiet pomoc doktora Jerzego Suffczyńskiego, szkolnego kolegi i przyjaciela ojca Magdaleny. Zaraz po przybyciu do Piotrkowa matka Jerzego zaprowadziła Magdalenę do doktora, który przyjął ją jakby były jego trzecią córką. Otoczył opieką również w szpitalu i cieszył się z urodzenia maleństwa w dniu jego urodzin.
W połowie stycznia 1945 r. przez Piotrków przemieszczały się coraz liczniejsze oddziały niemieckie. Któregoś dnia do drzwi załomotali trzej młodzi żołnierze Wehrmachtu, żądając kwatery. Na nic zdały się tłumaczenia matki Jerzego (świetną niemczyzną), że nie ma u nich miejsca. Nie zważając na protesty kobiet, rozlokowali się w największym pokoju, ale sytuacja na froncie była tak dynamiczna, że nie zdążyli upiec zdobycznej gęsi. Koło południa następnego dnia do mieszkania wtargnęło dwóch żołnierzy radzieckich, zajęli kuchnię i upiekli sprawioną „poniemiecką gęś”.
Skończyła się wojna, w prasie pojawiła się informacja o wyzwoleniu przez Amerykanów obozu w Mauthausen i niezliczonej liczbie ofiar, które ten obóz pochłonął. Z treści proklamacji, ogłoszonej przez komitet utworzony przez grupę ocalałych więźniów (Cyrankiewicz, Rusinek, Płatek) Magdalena dowiedziała się, że wśród ocalonych jest Jerzy Konarzewski. Ale Jerzy Konarzewski to nie Jerzy Kozarzewski. Nadzieja, ale i wątpliwości, o kogo naprawdę chodzi? Wkrótce, 13 czerwca bliski przyjaciel szkolny Jerzego – Janusz Szymański przyniósł wiadomość, że Jerzy przeżył obóz. Wiadomość pochodziła bezpośrednio od ocalałego Żyda, dawnego kolegi – Poznańskiego, który widział Jerzego w całkiem dobrej kondycji po wyzwoleniu obozu.