We wrześniu 1939 r. pełen młodzieńczego zapału do walki o Ojczyznę, po ewakuacji fabryki zbrojeniowej, w której pracował, zaciągnął się na Wołyniu do Wojska Polskiego. Jednak agresja sowiecka położyła kres marzeniom – sowiecka niewola i ucieczka z niej przywiodły Jerzego z powrotem do Warszawy.

Jako „niespełniony” żołnierz kampanii wrześniowej już w październiku związał się z narodowym ruchem konspiracyjnym. W listopadzie 1939 r. wstąpił do Związku Jaszczurczego, wyrosłego na gruncie organizacji narodowych, a w 1942 r. przekształconego w Narodowe Siły Zbrojne. Nie złamały go KL Auschwitz i KL Mauthausen. Powrócił do kraju z misją utworzenia szlaku kurierskiego, służącego do stałej łączności między ośrodkiem krajowym NSZ-OP, a ośrodkiem w Ratyzbonie. Z zadania się wywiązał – powstała „Droga Konrada” (nazwa od jego okupacyjnego pseudonimu).

Kres jego działalności podziemnej przyniosło aresztowanie przez bezpiekę 31 października 1945 r. Prawie roczne śledztwo, szybki pokazowy proces przyniósł dla szóstki „wrogów ludu” wyroki śmierci – Jerzy, jako organizator dostał „podwójny” (cokolwiek to znaczy) wyrok śmierci. Na prośbę Juliana Tuwima prezydent Bierut zamienił wyrok śmierci na karę 10 lat „odsiadki” w ciężkich więzieniach dla „politycznych” na Mokotowie i we Wronkach. Z więzienia wrócił schorowany do rodziny, która już urządziła się w Nysie. I to właśnie z Nysą Jerzy Kozarzewski, mimo przeciwności losu, związał resztę swojego życia.